Suomen Gastroenterologiayhdistys perustettiin vuonna 1956 edistämään suomalaista vatsaelinsairauksien tutkimusta ja hoitoa.

Sääntöjen mukaan yhdistyksen varsinaisiksi jäseniksi voidaan ottaa lääkäreitä, jotka ovat osoittaneet perehtyneensä gastroenterologiaan. Ulkojäseneksi yhdistys voi ottaa gastroenterologiaan perehtyneitä sairaanhoitohenkilökuntaan kuuluvia henkilöitä. Kannattajajäseneksi voidaan hyväksyä henkilö tai yhteisö, joka haluaa tukea yhdistyksen tarkoitusta ja toimintaa.
 
Yhdistyksen jäsenistö koostuu gastroenterologeista, gastrokirurgeista ja muista gastroenterologiasta kiinnostuneista lääkäreistä (sisätautilääkäreitä, pediatreja, patologeja, radiologeja, yleislääkäreitä jne.) sekä sairaanhoitajista. Seuraan kuuluu 547 jäsentä ja 16 kannattajajäsentä (1.6.2016).

Yhdistys järjestää koulutuspäiviä, pienryhmäkursseja ja jakaa jäsenistölleen tutkimustyötä klinikkavierailuja sekä koulutusta varten apurahoja. Yhdistys toimii yhteistyössä alan kotimaisten, pohjosmaisten ja eurooppalaisten seurojen kanssa.

Seuran toimintaa johtaa hallitus, jonka puheenjohtajana toimii dosentti Paulina Salminen, TYKS ja sihteerinä erikoislääkäri Pauliina Molander, HUS Peijaksen sairaala.

Yhdistyksellä on kaksi alajaosta: IBD-jaos ja Hepatologia-jaos. 

Yhdistyksen jäseneksi voi hakea seuran hallitukselle toimitettavalla jäsenanomuslomakkeella.